Mar Marcos es Catedrática de Historia Antigua en la Universidad de Cantabria, donde imparte clases de Historia de Roma e investiga sobre la Antigüedad Tardía, la Historia de las Religiones y de los Conflictos Religiosos en la Antigüedad y la Historia de las Mujeres, temas sobre los que ha publicado extensamente en las mejores revistas y editoriales, entre estas Oxford University Press, Blackwell, Brill y Routledge. Fue becaria postdoctoral en Oxford (1990-1992) y ha sido profesora visitante en Wolfson College y Corpus Christi College (Oxford), Real Colegio Complutense de Harvard, Roma-La Sapienza y École Pratique des Hautes Études.
Ha sido investigadora principal de seis proyectos del plan estatal y coordina la Red de Investigación ARACNE (Ancient Religions and Cults Network), que reúne a todos los grupos de investigación trabajando en el campo de las religiones antiguas en España. Ha colaborado en los proyectos internacionales: Critical Analysis of Religious Diversity. Theory and Method Network (Universidad de Aarhus), Network for European Religion (Universidad de Southern Denmark), Spazi Sacri e Percorsi Identitari (Universidad di Bari) y The Collectio Avellana (Loyola University of Chicago y Universidad de Perugia). Es miembro colaborador del Sapienza Centre for the Study of the Mediterranean and Near East in Late Antiquity and Early Middle Ages.
Ha sido una activa participante en sociedades científicas, desempeñando los cargos de Presidenta de la Sociedad Española de Ciencias de las Religiones, Vicepresidenta y Secretaria General adjunta de la International Association for the History of Religions, y miembro del Steering Committee de la European Association for the Study of Religions.
En su universidad ha sido directora del Departamento de Ciencias Históricas, directora del Área de Igualdad y Política Social y directora de la Escuela de Doctorado. Ha presidido la Conferencia de Directores de Escuelas de Doctorado de España. Ha colaborado, desempeñando varias funciones, con la Agencia Estatal de Investigación, entre ellas la de presidenta del área científico-técnica de Estudios del Pasado: Historia y Arqueología.
