La Universidad Internacional de Andalucía (UNIA) inicia en el año 2006 el proceso de elaboración de su primer Plan Estratégico. Concebido como el instrumento que guíe el trabajo en todos los niveles de la organización, desde el gobierno a las unidades administrativas, el Plan Estratégico recoge la planificación de los proyectos a desarrollar en los siguientes tres años. Su filosofía se resume en dos principios: revisión continúa y seguimiento de ejecución.
Durante la fase inicial del proceso se definieron las bases para el desarrollo del plan: se estableció la Misión y la Visión institucionales, y se realizó el análisis de situación a partir de la identificación de Debilidades, Amenazas, Fortalezas y Oportunidades. Asimismo, se crearon las Comisiones Académicas y de Gestión, la Oficina Técnica del Plan Estratégico y la Comisión Central del Plan. Como instancia articuladora del proceso, la Oficina Técnica del Plan Estratégico cumplió las funciones de coordinar y gestionar el proceso de planificación, proporcionar la información previa, asesorar a las distintas comisiones y redactar el documento final del Plan Estratégico.
El proceso, de caracter participativo, contó con la visión experta de profesionales externos y de representantes de instituciones del entorno, que constituyeron la Comisión de Relaciones Exteriores. De igual forma, se estableció un periodo de aportaciones por parte de la comunidad universitaria.
Finalmente, el Plan Estratégico 2007-2009 fue elevado al Consejo de Gobierno del 18 de abril de 2007, siendo aprobado por el Patronato el 12 de junio de 2007.
Cabe destacar que esta planificación estratégica fue considerada buena práctica en el Observatorio de Buenas Prácticas en dirección y gestión universitaria TELESCOPI de la cátedra UNESCO de dirección universitaria de la Universitat Politècnica de Catalunya (UPC).