La Universidad Internacional de Andalucía cuenta para su funcionamiento ordinario con una serie de Comisiones, recogidas en los Estatutos de la Institución, como son la Comisión de Postgrado, la Comisión de Extensión universitaria, la Comisión de Investigación y la de Becas, todas órganos colegiados de asesoramiento al Consejo de Gobierno de la universidad.
Además de estas Comisiones estatutarias, la UNIA ha ido constituyendo otra serie de comisiones de trabajo, a través de las cuales profundizar en determinados ámbitos como la Igualdad, la Responsabilidad Social o la Seguridad y la Salud.
Toda la información relativa a las comisiones se encuentra en el apartado de órganos colegiados de la Secretaría General.